Valkeakosken kaupungin ylintä päätösvaltaa käyttää 43-jäseninen kaupunginvaltuusto. Valtuutetut ja heidän varajäsenensä valitaan joka neljäs vuosi toimitettavissa kunnallisvaaleissa. Valtuusto päättää Valkeakosken asioista sekä vastaa kaupungin taloudesta ja toiminnasta.
Kaupunginhallitus vastaa kaupungin hallinnosta ja taloudenhoidosta sekä valmistelee ja toimeenpanee valtuuston päättämät asiat. Kaupunginhallituksessa on 11 valtuuston nimittämää jäsentä.
Lisäksi Valkeakoskella toimii seitsemän lautakuntaa, jotka valmistelevat ja päättävät eri toimialojen asioista.
Kaupungin toimintaperiaatteet ja päätöksentekovaltuudet määritellään kaupungin säännöissä.